La red hidrográfica del término se configura alrededor del río de la Aceña y todos sus afluentes. Este río queda embalsado en la presa de la Aceña (ver foto), que tiene una capacidad de 23,7 hectómetros cúbicos y pertenece a la Red de agua madrileña del Canal de Isabel II.
Existen, también, otras dos pequeñas presas: el embalse de Tobar que conecta con la presa de la Aceña por un túnel y que lleva el agua de ésta al Escorial a través de otra conducción subterránea; y el pequeño y encantador embalse de "Cañada Mojada", que suministra agua potable a la localidad.
La cabecera del río de la Aceña está formada por tres arroyos que parten de las laderas meridionales de Cueva Valiente, y son: el de Collado Hornillo, el del Valle de Enmedio, con su afluente de la Nava del Toril, y el del Chuvieco. A unos 2 Km de Peguerinos, río arriba, los tres arroyos se unen, entrando así a formar parte de la cabecera del citado pantano de la Aceña. Además, también vierte sus aguas al pantano el arroyo de Navalacuerda.
La salida del pantano, configurada ya como río de la Aceña, recibe por la izquierda las aguas del arroyo del Tobar, y desemboca en el río Cofio, afluente del Alberche, perteneciente a la cuenca hidrográfica del Tajo.
La cabecera del río Cofio está representada por los arroyos de Valtraviés (donde se encuentran los embalses nuevo y viejo que suministran agua a Las Navas del Marqués), y de Las Herreras, que pasa por la aldea del mismo nombre y que pertenece a la Comunidad de Madrid (Sta. María de la Alameda). A su vez, el arroyo de las Herreras recibe las aguas de los arroyos del Prado, la Solanilla, las Hoyas y Losilla.
